Первый номер издания «Вопросы всеобщей истории архитектуры», основанного Научно-исследовательским институтом теории и истории архитектуры и градостроительства (НИИТИАГ), вышел в свет в 1961 году в виде сборника научных статей под редакцией профессора, член-корреспондента Академии строительства и архитектуры СССР Николая Петровича Былинкина. Содержание сборника составили три фундаментальные статьи по вопросам античной архитектуры, авторства Т.Н. Козина и С.А. Кауфмана.
Второй номер (выпуск) был издан в 2004 году «Едиториал УРСС» под редакцией Александра Александровича Воронова и посвящен памяти выдающегося историка архитектуры Вероники Леонидовны Ворониной.
Периодическим издание стало в период руководства НИИТИАГ Игоря Андреевича Бондаренко. Выпуски 3–5 составлялись и последовательно публиковались с 2010 по 2015 годы под редакцией Нины Анатольевны Коноваловой. Каждый выпуск содержал не менее 20 научных статей по самым разным вопросам истории зарубежной архитектуры.
Требования к периодическому изданию и индексации его материалов диктовали необходимость его переформатирования и регистрации в виде научного журнала, что было осуществлено Арменом Юрьевичем Казаряном, возглавляющим редколлегию «Вопросов всеобщей истории архитектуры» с 2016 года. Начиная с 6-го выпуска журнал публикуется с периодичностью два раза в год, примерное количество статей каждого номера находится в пределах от 10 до 16. Существенно расширился состав редакционной коллегии, половина членов которой являются ведущими отечественными историками архитектуры, а вторую половину составляют зарубежные коллеги. Тогда же журнал начал индексироваться в РИНЦ, в 2018 году был включен в Перечень изданий, рекомендованных ВАК Минобрнауки РФ, а в последние годы претендует на индексацию в Web of Science и Scopus.
С 2023 года учредителем журнала является Национальный исследовательский Московский государственный строительный университет (НИУ МГСУ). В этом же году Редакционной коллегией было принято решение о некотором расширении содержательной стороны издания, с включением исследований по проблематике русской архитектуры в контексте всеобщей истории зодчества и по вопросам сохранения архитектурного наследия.
